一、管理服务机构

1、办公室

2、组织部（统战部）、机关党委（合署）

3、宣传部（新闻中心）

4、纪检监察室

5、人事处（教师工作部）

6、教务处

7、科技处（学科建设办公室、学报编辑部）

8、学生工作部（学生处）

9、发展规划处（高教研究室）

10、计划财务处（资产管理办公室）

11、审计处

12、实验室与设备管理处（采购中心）

13、保卫处（人民武装部）

14、社会合作处（校友办公室、产学合作办公室）

15、总务处（后勤服务中心）

16、校园建设处

17、国际交流与合作处（港澳台办公室）

二、群团组织

1、工  会（离退休工作办公室）

2、团  委

三、教学、科研及教辅机构

1、水利与环境工程学院

2、建筑工程学院

3、测绘与市政工程学院

4、机械与汽车工程学院

5、电气工程学院

6、经济与管理学院

7、信息工程学院

8、国际教育交流学院

9、马克思主义学院

10、基础教学部 

11、体育与军事教育部

12、继续教育学院（浙江河（湖）长学院）

13、创业学院（工程实验实训中心）

14、图书馆

15、现代教育技术中心

16、教学质量与评估中心（教师教学发展中心）

17、浙江水利与海洋工程研究院

18、浙江水文化研究院